Victor Dreisen (Vincent Croiset) leidt een lekker leventje als single. Bij het Amsterdamse Meertens Instituut doet hij onderzoek naar volksculturen. Maar tot irritatie van zijn baas gebruikt hij zijn werk vooral voor snoepreisjes naar wereldsteden. Victors collega Heleen (Susan Visser), die heimelijk verliefd is op hem, helpt hem regelmatig uit de problemen. Als Victor van een oom, die in een psychiatrische inrichting is overleden, een huisje in het Drentse Koekange erft, besluit hij er naartoe te reizen om het op te knappen. Tegen zijn baas zegt hij dat hij onderzoek gaat doen naar plaatselijke moordliederen, waarin vroeger gruwelijke misdaden werden bezongen.

In Koekange raakt Victor geïntrigeerd door zo'n moordlied. Het is het huiveringwekkende verhaal van een drievoudige roofmoord die nooit is opgelost. Het lied wordt gezongen door Geesje (Rosa Reuten), een aantrekkelijke schippersvrouw waarmee Victor een verhouding begint. Hij ontdekt dat de misdaden destijds zijn begaan in het huisje dat hij heeft geërfd. De dorpsbewoners lijken meer te weten, maar zwijgen. Victor krijgt zelfs anonieme bedreigingen, aan zijn deur gespijkerde schaapshoofden. Toch geeft hij niet op en lijkt hij het oude mysterie te gaan ontrafelen. Maar kan hij nog wel op zijn verstand vertrouwen of zijn de ontdekkingen die hij doet waanbeelden en draait hij, net zoals eerder zijn oom, langzaam door? Als Heleen hem komt opzoeken, schrikt ze van de veranderingen in Victor. Jaloers ziet ze hoe hij naar Geesje kijkt. Ze smeekt Victor met haar naar Amsterdam terug te keren. Maar hij weigert. Hij kan Geesje en het moordmysterie niet loslaten. Voor de oplossing betaalt hij echter een hoge prijs.

Het Zwijgen is een mysterieus, poëtisch en tragisch drama over liefde en moord op de Drentse hei. Filmarchiefmateriaal uit Drente, de muziek van De Kift en de moordliederen verhogen de geheimzinnige sfeer. Tot een eeuw terug, toen er nog vrijwel geen kranten waren, berichtten moordliederen in de Drentse gemeenschap over recente misdaden. En in Drente werd destijds veel gemoord. Het lied uit de film is gebaseerd op zo'n historisch moordlied en de bezongen, waargebeurde misdaden zorgden toen voor veel ophef.